どうやらカテゴリに日本語を使って何も対処せずにMTを運用するのは後で困った事になるみたい。
要するにカテゴリ名でhtmlのアーカイブを作るときに偶然ファイル名が別カテゴリで一緒になってしまうことがあるみたい。

確かに自分のarchibeディレクトリ見てみると怪しい名前のhtmlファイルがある。

対処方法として、カテゴリ名は英語表記にしてカテゴリ説明文に日本語を入れる。で、トップページのカテゴリ一覧ではその説明文の方を載せるやりかた。［情報源：blog質問箱］

もう一つはMTを改造してカテゴリ別のhtmlを作る際のファイル名を「カテゴリID」にするやりかた。[情報源:dh's memoranda]

幸か不幸か私のサイトはまだ、どこの検索エンジンにも登録されていないので、過去のアーカイブが無くなっても（ファイル名が変わっても）問題ないので、さくっと後者の方式を取りました。

具体的な変更方法がわからなかったのでeulog.さんのエントリを参照させて頂きました。